projet:sujets

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remy
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 Slides de présentation des sujets: Slides de présentation des sujets:
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 + *  Alexandre Meyer [[https://cazabetremy.fr/Teaching/lifprojet/slides2026pr/meyer.pdf]]
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 + *  Sabine Peres [[https://cazabetremy.fr/Teaching/lifprojet/slides2026pr/projet2026_peres.pdf]]
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 + *  Samir Aknine [[https://cazabetremy.fr/Teaching/lifprojet/slides2025aut/SA.pdf]]
  
 ===== AM1. Deep learning et image : classification et génération d'images ===== ===== AM1. Deep learning et image : classification et génération d'images =====
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 Des exemples de développements se trouvent a cette adresse : https://perso.liris.cnrs.fr/samir.aknine/L3/ Des exemples de développements se trouvent a cette adresse : https://perso.liris.cnrs.fr/samir.aknine/L3/
  
-===== SP1. Visualisation interactive de données médicales   ===== +===== SP1. Application web d’extraction de paramètres pour la modélisation métabolique   ===== 
-^ Domaine | Python, application web| +^ Domaine | Web, bases de données, bioinformatique, data engineering | 
-^Langage (proposé) | Python, Dash, html, javascript | +^ Langages & bibliothèques (proposés) | Python (FastAPI/Flask), SQL (PostgreSQL/MySQL/SQLite), Pandas ; Front : React/Vue ou simple HTML/Bootstrap ; Export : CSV/JSON/SBML | 
-^ Responsable du sujet | Sabine Peres                                   |  +^ Responsable du sujet | Sabine Peres                                |  
-Ce projet se concentre sur le développement d'une plateforme interactive permettant d'explorer, visualiser et analyser des données biologiques dans les celullues de différents patients. Ce projet peut servir à comprendre les processus bioénergétiques ou identifier des anomalies métaboliques associées à certaines situations physiologiques et/ou physio-pathologiques.+Ce projet consiste à développer une application web permettant d’interroger une ou plusieurs bases de données (locales ou distantes) afin de récupérer automatiquement des paramètres nécessaires à la modélisation de système biologique (ex. concentrations, flux, cinétiques, conditions expérimentales, identifiants de réactions/métabolites, annotations).
  
-Fonctionnalités principales +Fonctionnalités principales : 
- +    * Proposer une interface permettant à l’utilisateur de  choisir une source (base SQL / fichier / API si extension), définir une requête (formulaire guidé + requêtes avancées), sélectionner les variables/paramètres à extraire, appliquer des filtres (organisme, tissu, conditions, etc.). 
-    *  Importation et gestion des données :Chargement de données physiologiques et métaboliques issues de fichiers CSV ou de bases de données publiques. Visualisation des réponses adaptatives et des flux métaboliques sous forme de tableaux ou de graphiques. +    * Générer une sortie sous forme de fichier “modulable” selon les besoins (format, contenu).  
- +    * Proposer un catalogue de requêtes : requêtes prêtes à l’emploi (ex. “paramètres par organisme”, “liste des métabolites + annotations”, “valeurs expérimentales filtrées”). 
-    *  Graphiques interactifs : visualisation des flux entre différents patients, évolution des concentrations métaboliques ou des flux sur une période donnée, visualisation des réponses adaptatives lors de variations des conditions physiologiques (exemple de l’exercice). +    * Détecter les valeurs manquantes/aberrantes.
- +
-    *  Simulation et comparaison : Comparaison des réponses adaptatives et des flux normaux et perturbés pour chaque patient. +
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-    *  Analyse avancée : Détection des anomalies métaboliques liées à des maladies, analyse prospective des interventions physiques et cliniques susceptibles d’être proposées dans la prise en charge de ces sujets.+
  
 Interface utilisateur: Interface utilisateur:
 +    * Interface web conviviale avec une navigation intuitive. Options d'exportation des données.
 +    *  Développement backend : Utiliser Python avec Flask pour gérer les données. Manipuler les données avec pandas.
 +    *  Visualisation frontend : Créer des graphiques interactifs avec Plotly ou Dash pour des diagrammes dynamiques.
  
-    * Interface web conviviale avec une navigation intuitive.Options d'exportation des graphiques et des rapports d'analyse. 
  
-    *  Développement backend : Utiliser Python avec Flask pour gérer les données. Manipuler les données avec pandas. 
  
-    *  Visualisation frontend : Créer des graphiques interactifs avec Plotly ou Dash pour des diagrammes dynamiques. 
  
  
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-===== SP3.  Visualisation interactive de voies métaboliques calculées par des méthodes d'optimisation ===== +===== SP3.  Plateforme web : édition, export et validation automatique de modèles biologiques ===== 
-^ Domaine | Python, visualisation | +^ Domaine | Développement web, SBML, bioinformatique, validation automatique | 
-^Langage et biblithèque (proposés) | Python, Cytoscape, Dash, Plotly | +^ Langages & bibliothèques (proposés) | Backend : Python (FastAPI/Flask) ; Front : React/Vue ou HTML+Bootstrap ; SBML : libSBML (ou cobra pour I/O) ; Validation : memote | 
-^ Responsable du sujet | Sabine Peres                                   |  +^ Responsable du sujet | Sabine Peres |     
-Ce projet se concentre sur le développement d'une interface de visualisation interactive permettant d’explorer les voies métaboliques  (i.e chemins dans un hypergraphe) calculés par des méthodes d'optimisation (programmation linéaire). L’outil doit permettre aux utilisateurs de comprendre la structure et la dynamique des réseaux métaboliques, ainsi que d’analyser les flux optimaux pour différents scénarios biologiques (par exemple, croissance cellulaire, production de biomolécules, réponse au stress).+Ce projet consiste à développer une **plateforme web** permettant de créer/éditer des modèles biologiques au format **SBML** 
 +(format xml pour les modèles métaboliques), de les exporter, et de les valider automatiquement en intégrant des outils Python externes, 
 +en particulier //memote// (suite de tests qualité pour modèles métaboliques) et //cobraPy// (pour prédire des comportements biologiques).
  
-  * Visualisation de la carte métabolique  +  * Édition SBML “web-friendly” 
-    * Représenter les métabolites et les réactions sous forme de graphe (nœuds et arêtes).   +    * Upload d’un SBML existant **ou** création à partir d’un modèle minimal. 
-    * Utiliser des codes de couleur et des épaisseurs de lignes pour indiquer l’intensité des flux dans chaque réaction.  +    * Édition guidée via formulaires (sans manipuler directement le XML)
      
  
-  * Interactivité +  * Validation automatique 
-    * Permettre de zoomer et de se déplacer dans la carte métabolique.   +    * Lancer validation (Exécution côté serveur de //memote//) 
-    * Cliquer sur une réaction ou un métabolite pour afficher des informations détaillées +    * Page “Résultats” interactive 
-    * Activer/désactiver certaines voies ou métabolites pour analyser leur impact.  +    
 +  * Corrections manuelles du modèle dans l'interface 
 +    * Modification guidée via formulaires (sans manipuler directement le XML).   
 +    * Mettre à jour le modèle dans le SBML et lancer la validation.  
  
-  * Analyse de scénarios multiples +  * Livrables attendus 
-    * Comparer les flux entre différents scénarios (par exemple, condition normale vs condition de stress).   +    * Application web fonctionnelle (édition/import/export SBML). 
-    * Générer des graphiques pour visualiser les différences entre scénarios.   +    * Intégration memote avec génération de rapport HTML consultable. 
- +    * Documentation : installation, API, format SBML attendu, exemples.
-  * Exportation des visualisations +
-    * Exporter les cartes métaboliques en formats PNG, SVG ou PDF pour inclusion dans des rapports scientifiques.   +
-    * Exporter les données enrichies (flux annotés) au format CSV ou XML. +
  
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  • projet/sujets.1765882497.txt.gz
  • Dernière modification: 2025/12/16 11:54
  • de remy